革命军海军下辖南洋舰队、内河舰队、海军陆战队三大部队。因司令员陆雨晨出使欧洲，海军参谋长唐约翰代理司令员。
（一）南洋舰队。
南洋舰队顾名思义，是一支外海舰队，主要任务是保卫海疆，以外国列强为假想敌。
南洋舰队主要继承海军第一师的人员装备，司令部驻广东顺德，在顺德建有大型海军基地。
目前，南洋舰队现有装备以小吨位蒸汽战舰为主，只能在近海作战。
怡和公司作为美国旗昌洋行大股东，收购了上海旗记船厂。加上广州柯拜船坞、南宁邕宁造船厂，广州方面已经初步形成了造船能力。
不久之后，南洋舰队有望得到大吨位战舰，进而实现远洋作战能力。
（二）内河舰队。
内河舰队司令部驻广西梧州府，其主要任务是围剿境内水寇，支持陆军日后北上湖南。
关于是否保留内河舰队，总司令部曾有过一番争论。有人认为，革命军已经尽占珠江流域，没必要保留内河船只，可以把节省下来的经费留给南洋舰队。
杨烜力排众议，力主保留内河舰队。南中国水网密布，小型内河船只可以通过湘桂交界处的灵渠，从广西进入湖南。
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